Parcours EGPR

Expression Génique et Protéines Recombinantes  (EGPR)
 

Ce parcours de Master s'inscrit dans le cadre de l'accréditation 2022-2026 du Master Biotechnologie de l'Université Toulouse III - Paul Sabatier. Cette spécialité est proposée en seconde année du Master. Bienvenu sur ce site, nous espérons que vous y trouverez toutes les informations nécessaires à votre orientation.
Bonne lecture,

PRESENTATION GENERALE

Cette formation a été créée en 2000. Elle faisait partie des premières formations professionnelles universitaires en biotech à Bac+5. Si son intitulé n'a pas changé, son statut a évolué. Initialement DESS, la formation est devenue Master Professionnel puis Master indifférencié pour la prochaine habilitation 2016-2021.

La création de cette formation a été réalisée conjointement avec la création d'une société, GTP Technology, et ces deux structures, émmanant de la même équipe de recherche, avaient en commun de se focaliser sur les technologies liées à la production et la purification de protéines recombinantes. Ce créneau constituait une réelle opportunité pour réaliser du transfert technologique et permettre l'insertion professionnelle d'étudiant(e)s* universitaires.

Après plus de 15 ans d'existence, ces deux structures sont reconnues pour leur qualité et constituent un très bel exemple d'adéquation entre les attentes technologiques de la recherche publique et privée d'une part, et cette formation universitaire d'autre part.

Cette formation a initialement été créée avec une visée professionnelle. Les niches professionnelles concernées étaient principalement la production et la purification de protéines recombinantes dans différents systèmes, et de manière plus large tout sujet nécessitant l’utilisation de techniques de biologie moléculaire. Très rapidement, les entreprises comme les laboratoires publics ont identifié cette formation comme une source d’étudiants de bon niveau dans ces domaines. La finalité de la formation a donc très vite évoluée puisque au-delà des embauches directes à la sortie du M2, les étudiants se sont vus proposer des poursuites d’études en particulier en thèse.

Pour maintenir une visibilité forte de la formation nous avons, au cours des habilitations successives par le ministère, conservé l’intitulé initial « Expression Génique et Protéines Recombinantes » qui est bien identifié par nos différents partenaires publics et privés.

Si l’interface Biologie Moléculaire/Biochimie des Protéines constitue toujours une articulation forte de cette spécialité, nous avons depuis une dizaine d’années élargi les champs scientifiques développés pour permettre une intégration de nos étudiants dans des domaines plus divers. Les thématiques des projets de recherche développées par les étudiants au cours de la partie théorique ainsi que la nature des stages réalisés illustrent bien la diversité des champs disciplinaires abordés.

Notre objectif est d’apporter des compétences conceptuelles et techniques permettant aux étudiants de s’insérer efficacement dans différents environnements professionnels (recherche publique ou privée, plateaux techniques, etc…). A l’issue de la formation, les étudiants sont capables d’assimiler et d’utiliser les résultats scientifiques les plus récents et de mener de manière autonome des projets scientifiques. Ils sont par conséquent capables de proposer des alternatives techniques et de mettre en place des stratégies expérimentales pertinentes.

Un des aspects fort de cette formation est d’autonomiser les étudiants dans leurs connaissances et de favoriser le travail d’équipe (voir pédagogie). Ces objectifs sont largement atteints en fin de formation et de nombreux retours positifs d’encadrants sur la réactivité intellectuelle et l’adaptabilité des étudiants à différentes thématiques nous ont confortés dans ce choix.

Cette formation scientifique est associée à un module de formation professionnelle. Les aspects de propriété industrielle, de législation et de connaissance de l'entreprise en particulier permettront d'aider les étudiants à développer leur propre projet et aussi de leur faire découvrir pour la plupart certains aspects du milieu professionnel.

PROGRAMME

L'année s'articule en deux parties : un enseignement théorique de mi-septembre à fin décembre suivi d'un stage de 6 mois, de préférence de janvier à juin.
L'enseignement théorique se déroule sur 400 heures réparties entre une UE scientifique et une UE de formation professionnelle.

Le contenu de la partie scientifique n'est pas figé et peut être adapté aux connaissances du groupe. Des plages horaires peuvent être réservées à des sujets suggérés par les étudiants.

Une partie de la formation est consacrée à la rédaction et la soutenance d'un projet de recherche réalisable sur la durée d'une thèse (3 ans). Les thématiques abordées dans ce cadre sont choisies pour leur intérêt scientifique et technique. Vous pouvez consulter certains des mémoires qui ont été réalisés les années précédentes (Mémoires de recherche).

Cette formation n'a pas pour objet de former des spécialistes en structure (RX, RMN) mais d'amener les étudiants à maitriser suffisamment ces techniques pour avoir une interaction facilitée avec des structuralistes.

La formation sur la spectrométrie de masse est traitée de manière évolutive par l'analyse des avancées de cette technique d'une année sur l'autre (Protéomique).

UE Scientifique - 24 ECTS

- Techniques de biologie moléculaire (PCR, Clonage/sous-clonage, Gènes synthétiques, Mutagenèse, Gateway...)

- Expression génique (microarray, Q-PCR, shRNA...)

- Stratégies expérimentales (orientation conceptuelle et choix technologique)

- Analyse de protocoles

- Projet de recherche

- Expression de protéines en système acellulaire et unicellulaire

- Purification

- Stabilisation, solubilisation, renaturation des protéines

- Caractérisation biophysique (DLS, ITC, SPR, DSF, DC, spectrométrie de masse, RMN, diffraction au RX...)

- Marquages (FRET, BRET...)

- Enzymologie expérimentale

- Tout sujet suggéré par les étudiants

UE Connaissance de l'entreprise - 3 ECTS

-Connaissance de l'entreprise

- Propriété intellectuelle / Brevet

- Normes, qualité et réglementation

- Marketing

- CV, Lettre de motivation

STAGES

Un stage de 6 mois sera effectué par l'étudiant au cours du second semestre (entre janvier et fin août, de préférence de janvier à juin). Les étudiants pourront donc mettre en pratique leurs compétences acquises ou enrichies pendant le premier semestre.

De nombreuses propositions de stages sont faites directement à la formation mais une recherche de stage sera également réalisée par les étudiants. Le stage peut être effectué en entreprise, sur plateforme technologique ou dans une équipe de recherche publique. Dans tous les cas, il est fortement conseillé d'effectuer ce stage à l'étranger.

Tous les stages en France seront rémunérés selon la législation en vigueur, c'est à dire avec un minimum d'indemnités de 554.40 €/mois à charge de la structure d'accueil. Aucune convention de stage ne sera signée sans indemnités sauf sur la demande motivée d'un étudiant.

Les stages peuvent s'effectuer n'importe où dans le monde selon les modalités propres à chaque pays. Les stages en Europe peuvent être envisagés après le recrutement des étudiants, entre août et décembre. Par contre les stages aux Etats Unis par exemple, nécessitent des démarches administratives près d'un an avant le début du stage. Si vous envisagez de faire un stage à l'étranger, renseignez-vous à l'avance et faites en mention dans votre dossier de candidature.

La thématique scientifique du stage est laissée au libre choix des étudiants en fonction de leurs centres d’intérêts et de leur projet professionnel futur. La nature des stages n'est donc pas limitée aux domaines de l'expression génique et des protéines recombinantes.

PEDAGOGIE

Notre objectif est de permettre à l'étudiant de s'impliquer plus, d'être plus actif, plus indépendant, de le mettre en situation, de le confronter à des problèmes scientifiques ou techniques et de l'aider à les résoudre. L'enseignement théorique et le stage doivent permettre d'atteindre cet objectif. Dans le milieu professionnel, l'acquisition des connaissances se fait d'une manière naturelle par une succession d'informations non reliées et non plus par l'accès à un enseignement structuré. La personne doit faire alors elle-même l'effort de restructurer ces informations.

L'enseignement théorique se fait donc essentiellement sous la forme d'ateliers et de tables rondes dans le but d'acquérir la capacité à mettre en situation l'ensemble des connaissances déjà acquises par l'étudiant. Une très large part de l'enseignement est réalisée par les étudiants sous forme d'exposés oraux. A la suite de ces exposés, un cours peut être donné pour structurer les idées ou les concepts développés. La plupart des notions de bases sont abordées en licence et en première année de Master et seront donc supposées acquises. Toutefois des rappels ou des mises à niveau sont effectués lorsque ces notions feront défaut. La formation apporte principalement des compétences méthodologiques dans le but d'être opérationnel rapidement sur une très large gamme de thématiques.

Le mode de fonctionnement de la formation nécessite une dynamique de groupe qui ne dépend que de l'investissement de chacun. C'est un point important qui conditionne le niveau atteint par chaque étudiant en fin de formation. Une salle équipée (1PC/ étudiant, vidéo, imprimantes, scanner, µonde et frigo) est mise à disposition des étudiants pendant le premier semestre. L'ensemble de cours et des ateliers ont lieu dans cette salle.

L'équipe pédagogique intervenant dans l'UE scientifique est composée de chercheurs et d'enseignant-chercheurs.
 

Eric Clottes

Professeur de Biochimie, Université Toulouse III

Spécialité : Biochimie structurale et fonctionnelle

Laboratoire : IPBS/CNRS, Interactions Acides Nucléiques/Protéines, IPBS, 205 Route de Narbonne, 31077 Toulouse

Tel : 05 61 17 55 40

email : Eric.Clottes@ipbs.fr

François Couderc

Professeur de Spectrométrie de masse et Chimie Analytique, Université Toulouse III

Spécialité : Spectrométrie de masse de molécules biologiques, Biochimie analytique quantitative, analyse de traces

Laboratoire : IMRCP, UMR 5623, batiment 2R1, Université Paul Sabatier, 118 route de Narbonne, 31062 Toulouse

Tel : 05 61 55 88 73

email : couderc@chimie.ups-tlse.fr

Pascal Demange

Directeur de Recherche, CNRS

Spécialité : Production et purification de protéines, Biologie structurale de protéines par spectroscopie RMN

Laboratoire : IPBS/CNRS, RMN et Interactions Protéines - Membranes, IPBS, 205 Route de Narbonne, 31077 Toulouse

Tel : 05 61 17 54 26

email : Pascal.Demange@ipbs.fr

Vincent Ecochard

Maître de Conférences en Biologie Moléculaire, Université Toulouse III

Spécialité : Biologie Moléculaire

Laboratoire : Biophysique cellulaire, IPBS/CNRS, 205 Route de Narbonne, 31077 Toulouse

Tel : 05 61 17 58 59

email : Vincent.Ecochard@ipbs.fr

Laurence Nieto

Professeur de Biologie Moléculaire, Université Toulouse III

Spécialité : Biologie Moléculaire

Laboratoire : Interactions Acides Nucléiques/Protéines, IPBS, 205 Route de Narbonne, 31077 Toulouse

Tel : 05 61 17 55 09

email : Laurence.Nieto@ipbs.fr

Laurent Paquereau

Professeur de Biologie Moléculaire-Biotechnologie, Université Toulouse III

Spécialité : Biologie Moléculaire, Biochimie des protéines

Laboratoire :IPBS/CNRS, Biophysique Cellulaire, 205 Route de Narbonne, 31077 Toulouse

Tel : 05 61 17 58 59

email : Laurent.Paquereau@ipbs.fr

Rémy Poupot

Professeur de Biochimie, Université Toulouse III

Spécialité : Biochimie

Laboratoire : Centre de Physiopathologie de Toulouse -Purpan CHU Purpan - BP 3028 31024 Toulouse Cedex 3

Tel : 05 62 74 86 61

email : remy.poupot@inserm.fr

Samuel Tranier

Maître de Conférences en Biochimie, Université Toulouse III

Spécialité : Cristallographie Biologique

Laboratoire : Biophysique Structurale, IPBS, 205 Route de Narbonne, 31077 Toulouse

Tel : 05 61 17 54 38

email : Samuel.Tranier@ipbs.fr

DEBOUCHES

D’une manière globale, les débouchés de cette spécialité sont soit la poursuite d’étude en doctorat soit l’embauche en entreprise ou dans le secteur public (CDD/CDI).

La formation dispose d'un large réseau de contacts en France et à l'étranger soit directement auprès des laboratoires et entreprises, soit via le réseau des anciens étudiants. Ces contacts permettent à la formation de recevoir de nombreuses offres de stages et de contrats.

Le doctorat

Cette possibilité est offerte depuis la création de cette formation dans les laboratoires à l’étranger (pour lesquels la dénomination Recherche ou Professionnelle des Masters n’a pas lieu). Depuis environ 5 ans, certaines Ecoles Doctorales acceptent les étudiants titulaires d’un M2P aux concours d’attribution des contrats doctoraux du Ministère de la Recherche.

Pour cette nouvelle accréditation (2016-2021), tous les étudiants titulaires d’un Master pourront postuler aux bourses de thèses en France suite à la disparition des intitulés Recherche et Professionnelle. Les possibilités de candidatures aux financements de thèse deviennent par conséquent identiques pour tous les titulaires d’un Master.

Le doctorat peut aussi être réalisé sous convention CIFRE (Conventions Industrielles de Formation par la Recherche) au sein d’une entreprise collaborant avec un laboratoire public.

CDD/CDI

Initialement créée avec un objectif professionnel cette formation a tissé des contacts avec de nombreuses entreprises. Les étudiants peuvent donc intégrer directement le marché du travail au niveau Master. Depuis la mise en place de l’ANR (Agence Nationale de la Recherche) de nombreux laboratoires publics (CNRS, INSERM, INRA, etc…) intègrent dans leurs demandes de financement des salaires (CDD) de niveau IE qui sont accessibles au niveau Master.

Le statut des recrutements

Le statut des recrutements dans les sociétés est très variable et dépend des conventions collectives des entreprises. Le niveau bac+5 n'est pas systématiquement reconnu par certaines entreprises françaises et de ce fait pour un salaire équivalent les étudiants signent des contrats allant du statut de technicien à celui d'assistant chercheur.

Dans le secteur public les statuts sont beaucoup plus simples. Le niveau Master correspond à une embauche au niveau Ingénieur d'Etude (IE).

Débouchés et Secteurs d'activité

Entreprises de Biotechnologie, Pharmaceutiques. Dans une moindre mesure entreprises Agro-chimique et Agroalimentaire.

Secteur public.

Création de sa propre entreprise.

Recherche, Recherche et développement (R&D), Ingénierie, Fabrication, Contrôle-Qualité.
Plateformes techniques

Entreprises & laboratoires

DISSEO, Affichem, Affilogic, Affitech, Antagene, Atheris (HS), Baxter, Bayer Cropscience

Biomerieux, Bionexis (HS), Biosentec, Biotem, BioXDiagnostic, BioXtal, Cayla-Invivogen

Centre Immunlogique Pierre Fabre, Cezanne(HS), Eramondi (HS), Evotec, Fusion Antibody

GENFIT, GTP Technology, IDEXX (ex institut Pourquier), Imaxio, Institut de Recherche SERVIER

KinaseDetect (HS), Laboratoires Genévrier, Lactalis, Lallemand Solution Santé, LED

Libragen, Lonza Therapeutics, MedImmune ltd, Merck Serono, Millegen(HS), Nestlé

Novaleads (HS), Novartis, NovImmune, ObeTherapy, Pierre Fabre, Protein Biosensor (HS)

Proteus, PX'Therapeutics, SETUBIO (HS), Technopharm, TherAchon, Valneva (ex Vivalis), Virbac

Admission

es admissions se font:
1) en niveau Master 1 via la plateforme "MonMaster": Il faut bien indiquer dans votre lettre de motivation pourquoi ce parcours de master correspond à votre projet personnel. https://www.monmaster.gouv.fr
2/ en niveau M2 vis la plateforme "E-candidat": Il faut bien indiquer dans votre lettre de motivation pourquoi ce parcours de M2 correspond à votre projet personnel. https://ecandidat2.univ-tlse3.fr/#!accueilView